本中心設有主任、副主任、執行長、副執行長等主管（註１），負責統籌中心業務之運作；另設有學會委員會、專業顧問群，以提供中心計畫案執行之專業建議。中心之組織任務，則依業務特性區分為教育宣導與政策規劃、統計分析與研究發展、及數位學習與資訊管理領域：
【教育宣導組】
(1) 自殺防治業務規畫
(2) 辦理教育宣導活動
(3) 辦理自殺防治教育訓練課程、講師推薦
(4) 編製文宣品、出版品等
(5) 國內外民間組織/媒體/企業聯繫與合作
(6) 其他一般行政事務
(1) 自殺防治業務規畫
(2) 辦理教育宣導活動
(3) 辦理自殺防治教育訓練課程、講師推薦
(4) 編製文宣品、出版品等
(5) 國內外民間組織/媒體/企業聯繫與合作
(6) 其他一般行政事務
【研究發展組】
(1) 自殺死亡、自殺通報相關數據之統計分析及製表
(2) 因地制宜自殺防治策略、滾動式策略修正建議
(3) 研究計劃項目執行
(4) 其他一般行政事務
(1) 自殺死亡、自殺通報相關數據之統計分析及製表
(2) 因地制宜自殺防治策略、滾動式策略修正建議
(3) 研究計劃項目執行
(4) 其他一般行政事務
【資訊管理組】
(1) 網站及多媒體平台管理與維護
(2) 數位課程錄製與剪輯
(3) 文宣品、出版品之平面設計
(4) 軟硬體設備管理與維護
(5) 其他一般行政事務
(2) 數位課程錄製與剪輯
(3) 文宣品、出版品之平面設計
(4) 軟硬體設備管理與維護
(5) 其他一般行政事務
註１：本中心副主任、執行長及副執行長乃為非常設職務，將依當年度全國自殺防治中心計畫內容遴選台灣自殺防治學會成員兼任之。